1 经营主体较复杂，市场监管难度大 在国有种子部门退出种子生产经营市场后，各种种子公司和乡镇农科站成为了玉米杂交种子的主渠道，加之近些年个体经营的种子用户数量迅速增多，使得经营主体多元化，经营主体素质参差不齐，难免会出现一些不正当，违规的经营行为，如个体经营户间换种或再次批发的现象时有发生，严重扰乱了种子市场秩序。
2 经营活动行为不规范 杂交
玉米种子属于季节性较强的特殊产品，经营时间受到限制，农户购买时间较为集中，经营业主个体对于种子知识掌握不尽相同，所售的种子缺乏销售凭证，使得种子无可溯性。
3 市场上假冒伪劣种子频现
3.1 品种假冒行为 一些经营者为了谋取利润，常用普通种子假冒其它品牌种子，盗用他人的成果，直接欺骗农户，损害了广大农民的切身利益，尤其在经济发展落后地区此现象最为明显。
3.2 陈种冒新 一些经营者将当年没有销售完的种子，积压到第二年或第三年继续销售，但是个体经营者的仓储条件有限，导致种子在保存过程中存在一些不规范现象，影响了种子的实际品质，导致种子成活率下降。
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